منذ إعادة هيكلته سنة 2004، حرص أمير المؤمنين على أن يبقى المجلس العلمي الأعلى في منأى عن التقاطبات الحزبية والايديولوجية بين الفاعلين في الحقل السياسي ونظامنا المؤسساتي. كان قرارا حكيما بالنظر إلى السلطة الروحية التي يمتلكها المجلس في علاقته بجمهور المؤمنين.
وحرص المجلس على ان تنصب تدخلاته على ماورد في أسباب نزول إعادة هيكلته؛ محاصرة التطرف الديني العنيف، ورعاية الأسلام المغربي المعتدل، وقد جاء في الظهير المحدد لصلاحياته انه يعمل على ” ضمان الأمن الروحي للمغاربة، وحراسة الثوابت الدينية للأمة والمتمثلة في العقيدة الأشعرية، والمذهب المالكي، والتصوف…
